Mark Zuckerberg na Instagrame napísal, že WhatsApp je „oveľa súkromnejší a bezpečnejší ako iMessage“. Má end-to-end šifrovanie, ktoré funguje na zariadeniach iPhone a Android, vrátane skupinových rozhovorov, záloh so šifrovaním typu end-to-end a miznúcich správ. To všetko sú funkcie, ktoré iMessage nemá, upozorňuje.